RNDr. Zbyšek Posel, Ph.D.

zástupce vedoucího katedry, odborný asistent

Místnost:  6.04 (CPTO)

Telefon:  +420 475 286 717

E-mail: Zbysek.Posel@ujep.cz

Konzultační hodiny:

dle domluvy po e-mailu

 

   

 

 

Vzdělání

Počítačové modelování ve fyzice a technice, UJEP, PřF, 2002 – 2006 (Bc.)
Počítačové modelování ve vědě a technice, UJEP, PřF, 2006 – 2008 (Mgr.)
Počítačové metody ve vědě a technice, UJEP, PřF, 2008 – 2013 (Ph.D. + RNDr.)

Profesní zaměření

Mesoskopické simulace fázového chování polymerů, jejich roztoků a tavenin, polyelektrolytů a komplexních polymerních systémů typu polymer/nanočástice. Počítačová analýza biologických a fyziologických signálů typu EKG, EEG a EMG pomocí klasických algoritmů (Hilbertova transformace, waveletova transformace, aj.) i moderních přístupů typu strojového učení. Počítačová analýza obrazových dat z experimentálních zařízení (fluorescenční mikroskop, dron, aj.).

Pedagogická činnost

Vyučované předměty:

  • Matematický software(KI/MSW)
  • Matematika pro informatiky (KI/MAI)
  • Simulace systémů (KI/SIM)
  • Paralelní programování (KI/PPG) Seminární práce
  • Analýza a vizualizace dat (KI/AVD) Seminární práce
  • Úvod do evolučního modelování (KI/EMO)
  • Informatika ve fyzice I,II (KFY/IVF1, KFY/IVF2)
  • Počítačové zpracování biologických dat (KI/0206)

Témata závěrečných prací:

  • Počítačové simulace a analýza polymerů a polymerních nanokompozitů s využitím GP GPU pomocí softwarů LAMMPS nebo HOOMD-Blue
  • Využití jazyka Python pro počítačovou analýzu fyziologických signálů pomocí klasických algoritmů (Hilbertova transformace, waveletova transformace, aj.) i moderních přístupů typu strojového učení.
  • Využití jazyka Python pro analýzu obrazových dat získaných z experimentálních zařízení (fluorescenční mikroskop, kamera, dron, aj.)

Publikační činnost

Pinelli F., Pizzetti F., Rossetti A., Posel Z., Masi M., Sacchetti A., Posocco P., Rossi, F.: Effect of surface decoration on properties and drug release ability of nanogels. Colloids and Surfaces A – Physiochemical and Engineering aspects 614: pp. 126164-126173 (2021).

Beranek P., Posocco P., Posel Z.: Phase Behavior of Gradient Copolymer Melts with Different Gradient Strengths Revealed by Mesoscale Simulations. Polymers 12: pp. 2462-2474 (2020).

Marson D., Posel Z., Posocco P.: Molecular Features for Probing Small Amphiphilic Molecules with Self-Assembled Monolayer-Protected Nanoparticles. Langmuir 36: pp. 5671-5679 (2020).

Mauri E., Veglianese P., Papa S., Rossetti A., De Paola M., Mariani A., Posel Z., Posocco P., Sacchetti A., Rossi F.: Effects of primary amine-based coatings on microglia internalization of nanogels. Colloids and Surfaces B: Biointerfaces 185: pp. 110574-110583 (2020).

Posel Z., Posocco P.: Tuning the Properties of Nanogel Surfaces by Grafting Charged Alkylamine Brushes. Nanomaterials 9: pp. 1514-1527 (2019).

Posel Z., Svoboda M., Lísal M.:Controlled Transport of Flexible Polymers in Slit and Cylindrical Pores Coated with Polymer Brushes: Insight from Dissipative Particle Dynamics. Journal of Nanoscience and Nanotechnology 19: pp. 2943–2949 (2019).

Posel Z., Svoboda M., Limpouchova Z., Lísal M., Procházka K.: Adsorption of amphiphilic graft copolymers in solvents selective for the grafts on a lyophobic surface: a coarse-grained simulation study. Physical Chemistry Chemical Physics 20: pp. 6533–6547 (2018).

Posel Z., Svoboda M., Colina C. M., Lísal M.: Flow nad aggergation of rod-like proteins in slit and cylindrical pores coated with polymer brushes: and insight from dissipative particle dynamics. Soft Matter 13: pp. 1634–1645 (2017).

Beránek P., Posel Z.: Phase Behavior os Semi-Flexible Diblock Copolymer: Insight from Mesoscale Modelintg. Journal of Nanoscience and Nanotechnology 16: pp. 7832–7836 (2016).

Posel Z., Posocco P., Lísal M., Fermeglia M., Pricl S.: Highly grafted polystyrene/polyvinylpyridine polymer gold nanoparticles in a good solvent: effect of chain length and composition. Soft Matter 12: pp. 3600–3611 (2016).

Skvor J., Posel Z.: Simulation Aspects of Lamellar Morphology: Incommensurability Effect. Macromolecular Theory and Simulations 24: 141-151 (2015).

Posel Z., Limpouchova Z., Sindelka K., Lisal M.,Prochazka K.: Dissipative Particle Dynamics Study of the pH-Dependent Behavior of Poly(2-vinylpyridine)-block-poly(ethylene oxide) Diblock Copolymer in Aqueous Buffers. Macromolecules 47: 2503-2514 (2014).

Posel Z., Rousseau B.,Lísal M.: Scaling behaviour of different polymer models in dissipative particle dynamics of unentangled melts, Molecular Simulation, Molecular Simulation 40:15, 1274-1289 (2014).

Posel Z., Posocco P., Fermeglia M., Lisal M., Pricl S.: Modeling hierarchically structured nanoparticle/diblock copolymer systems. Soft Matter 9: 2936-2946 (2013).

Lísal M., Posel Z., Izák P.: Air–liquid interfaces of imidazolium-based [TF2N-] ionic liquids: insight from molecular dynamics simulations. Physical Chemistry Chemical Physics 14:  5164–5177 (2012).

Posocco P., Posel Z., Fermeglia M., Lísal M., Pricl S.: A molecular simulation approach to the prediction of the morphology of self-assembled nanoparticles in diblock copolymers. Journal of Materials Chemistry 20: 10511–10520 (2010).

Posel Z., Lísal M., Brennan J. K.: Interplay between Microscopic and Macroscopic Phase Separations in Ternary Polymer Melts: Insight from Mesoscale Modelling. Fluid Phase Equilibria 283: 38-48, (2009).

ResearcherID: B-2986-2013

ORCID: 0000-0003-4271-5349

Granty a odborné stáže

  • FP6: MULTIPRO: Design of “Tailor to Made” MULTIfunctional Organic Materials for Intended Applications, Considering Molecular Modelling of Structure PROperty Relationship, Experimentation and PROcessing (STrategic REsearch Project under the 6th Framework Programme of the European Community) 2007-2009, spoluřešitel.
  • OC – COSTDendrimery v biomedicínských aplikacích, 2010 –2013, spoluřešitel.
  • SGS UJEP: (a) Počítačová studie dynamických vlastností polymerů a jejich směsí, 2009 – 2011, řešitel. (b) Mesoskopické modelováni polymerů modifikovaných nanočásticemi, 2011 – 2013, řešitel(c) Počítačová studie periodických struktur blokových polymer, 2010 – 2012, spoluřešitel. (d) Mesoskopické modelování nanočástic modifikovaných diblokovými kopolymery v rozpouštědlech různé kvality, 2014 – 2016, řešitel. (e) Víceškálové modelování interakce mezi pevnou a kapalnou fází v komplexních systémech, 2016 – 2018, řešitel.
  • GA ČR: Řízená asociace polyelektrolytových kopolymerů se surfaktanty ve vodných roztocích, 2013 – 2016spoluřešitel.
  • H2020VIMMP – Virtual Materials Market Place, 2018, spoluřešitel.
  • IGA UJEP: Využití metod strojového učení ve vědeckých výpočtech, 2019-2020, řešitel.
  • ERDF/ESFUniQSurf -Centre of biointerfaces and hybrid functional materials, 2018-2022, spoluřešitel.
  • TA ČR KAPPA: METAMORPH -Advanced hybrid organic-inorganic nanofibers for CO2 capture and photocatalysis, 2021-2023, spoluřešitel.
  • Vědeckovýzkumný pobyt na Univerzitě v Terstu (délka: 1 měsíc, 2011)
  • Vědeckovýzkumný pobyt na Univerzitě v Terstu (délka 1 rok, 2019)
  • Vědeckovýzkumný pobyt na Univerzitě v Terstu (délka 1.5 roku, 2020-2021)

Vědecká spolupráce

  • University of Trieste, Department of Architecture and Engineering.
  • MOlecular Simulation Engineerign Laboratory Trieste.
  • Přírodovědecká fakulta UK, Ústav makromolekulární chemie AV ČR, v. v. i.
  • Ústav chemických procesů AV ČR, v.v.i., Oddělení molekulárního a mesoskopického modelování.