doc. RNDr. Zbyšek Posel, Ph.D.

zástupce vedoucího katedry, docent

vedoucí oddělení pro datovou analýzu a simulace

Místnost:  6.04 (CPTO)

Telefon:  +420 475 286 717

E-mail: Zbysek.Posel@ujep.cz

Konzultační hodiny:

Pondělí	13.00-14.00
Čtvrtek	14.00 -16.00

Vzdělání

• Počítačové modelování ve fyzice a technice, UJEP, PřF, 2002 – 2006 (Bc.)
• Počítačové modelování ve vědě a technice, UJEP, PřF, 2006 – 2008 (Mgr.)
• Počítačové metody ve vědě a technice, UJEP, PřF, 2008 – 2013 (Ph.D. + RNDr.)
• Aplikované vědy v inženýrství, TUL, FM, 2023 (doc.)

Profesní zaměření

• Počítačová analýza elektrofyziologických signálů (EKG, EEG a EMG, ICP, ABP aj.) pomocí klasických algoritmů i moderních přístupů typu strojového učení.
• Počítačová analýza obrazových dat (buňky, tkáně, kosti apod.) z experimentálních zařízení (mikroskop, rentgen, dronaj.).
• Počítačové simulace komplexních systémů složených z polymerů, jejich kompozitů apod.

Pedagogická činnost

Vyučované předměty:

• Analýza a vizualizace dat (KI/AVD) Kombinované studium, Prezenční studium
• Analýza signálu a obrazu v praxi I (KI/ASO1)  Materiály, seminární práce, seminární práce KASO
• Analýza signálu a obrazu v praxi II (KI/ASO2) Seminární práce
• Matematický software(KI/MSW) Main, seminární práce
• Paralelní programování (KI/PPG) materiály + zadání práce
• Parallel Programing (KI/PAR) KPAR-materials+seminar work, PAR-seminar work
• Počítačové zpracování signálu (KI/PZS) materiály,  Seminární práce I, Seminární práce II
• Počítačové zpracování biologických dat (KI/0206)
• Počítačové modelování biologických systémů (KI/PMBS)
• Počítačové modelování částicových soustav III (KFY/M301)
• Počítačové modelování (KFY/PM)
• Projektový seminář (KI/PROJ)
• Simulace systémů (KI/SIM)
• Semestrální projekt I-III (KI/SP1-SP3)
• System simulation (KI/SYS) Seminar work

Témata závěrečných prací

• Detekce anomálií v signálech nitrolebního a arteriálního tlaku s využitím klasických metod a strojového učení
• Generování umělých elektrofyziologických signálů za účelem testování nových algoritmů
• Detekce objektů na snímcích pořízených optickými a elektronovými mikroskopy 
• Samooorganizace blokových kopolymerů uchycených k povrchu.

Publikační činnost (ResearcherID: B-2986-2013, ORCID: 0000-0003-4271-5349)

• Fridrich P., Posel Z.: Phase Behavior of Polydisperse Y-Shaped Polymer Brushes under Good Solvent Conditions, Polymers 16 (5), pp. 71-736 (2024)
• Gabellini C., Sologan M., Pellizzoni E., Marson D., Daka M., Franchi P., Bignardi L., Franchi S., Posel Z., Baraldi A., Pengo P., Lucarini M., Pasquato L., Posocco P.: Spotting Local Environments in Self- Assembled Monolayer-Protected Gold, ACS Nano 16 (12), pp 20902-20914 (2022)
• Pellizzoni E., Şologan M., Daka M., Pengo,P., Marson D., Posel Z., Franchi S., Bignardi L., Franchi P., Lucarini M., Posocco P., Pasquato P.: Thiolate end-group regulates ligand arrangement, hydration and  affinity for small compounds in monolayer-protected gold nanoparticles, Journal of Colloid and Interface Science 607: pp 1373-1381 (2022)
• Pinelli F., Pizzetti F., Rossetti A., Posel Z., Masi M., Sacchetti A., Posocco P., Rossi, F.: Effect of surface decoration on properties and drug release ability of nanogels. Colloids and Surfaces A – Physiochemical and Engineering aspects 614: pp. 126164-126173 (2021).
• Beranek P., Posocco P., Posel Z.: Phase Behavior of Gradient Copolymer Melts with Different Gradient Strengths Revealed by Mesoscale Simulations. Polymers 12: pp. 2462-2474 (2020).
• Marson D., Posel Z., Posocco P.: Molecular Features for Probing Small Amphiphilic Molecules with Self-Assembled Monolayer-Protected Nanoparticles. Langmuir 36: pp. 5671-5679 (2020).
• Mauri E., Veglianese P., Papa S., Rossetti A., De Paola M., Mariani A., Posel Z., Posocco P., Sacchetti A., Rossi F.: Effects of primary amine-based coatings on microglia internalization of nanogels. Colloids and Surfaces B: Biointerfaces 185: pp. 110574-110583 (2020).
• Posel Z., Posocco P.: Tuning the Properties of Nanogel Surfaces by Grafting Charged Alkylamine Brushes. Nanomaterials 9: pp. 1514-1527 (2019).
• Posel Z., Svoboda M., Lísal M.:Controlled Transport of Flexible Polymers in Slit and Cylindrical Pores Coated with Polymer Brushes: Insight from Dissipative Particle Dynamics. Journal of Nanoscience and Nanotechnology 19: pp. 2943–2949 (2019).
• Posel Z., Svoboda M., Limpouchova Z., Lísal M., Procházka K.: Adsorption of amphiphilic graft copolymers in solvents selective for the grafts on a lyophobic surface: a coarse-grained simulation study. Physical Chemistry Chemical Physics 20: pp. 6533–6547 (2018).
• Posel Z., Svoboda M., Colina C. M., Lísal M.: Flow nad aggergation of rod-like proteins in slit and cylindrical pores coated with polymer brushes: and insight from dissipative particle dynamics. Soft Matter 13: pp. 1634–1645 (2017).
• Beránek P., Posel Z.: Phase Behavior os Semi-Flexible Diblock Copolymer: Insight from Mesoscale Modelintg. Journal of Nanoscience and Nanotechnology 16: pp. 7832–7836 (2016).
• Posel Z., Posocco P., Lísal M., Fermeglia M., Pricl S.: Highly grafted polystyrene/polyvinylpyridine polymer gold nanoparticles in a good solvent: effect of chain length and composition. Soft Matter 12: pp. 3600–3611 (2016).
• Skvor J., Posel Z.: Simulation Aspects of Lamellar Morphology: Incommensurability Effect. Macromolecular Theory and Simulations 24: 141-151 (2015).
• Posel Z., Limpouchova Z., Sindelka K., Lisal M.,Prochazka K.: Dissipative Particle Dynamics Study of the pH-Dependent Behavior of Poly(2-vinylpyridine)-block-poly(ethylene oxide) Diblock Copolymer in Aqueous Buffers. Macromolecules 47: 2503-2514 (2014).
• Posel Z., Rousseau B.,Lísal M.: Scaling behaviour of different polymer models in dissipative particle dynamics of unentangled melts, Molecular Simulation, Molecular Simulation 40:15, 1274-1289 (2014).
• Posel Z., Posocco P., Fermeglia M., Lisal M., Pricl S.: Modeling hierarchically structured nanoparticle/diblock copolymer systems. Soft Matter 9: 2936-2946 (2013).
• Lísal M., Posel Z., Izák P.: Air–liquid interfaces of imidazolium-based [TF2N-] ionic liquids: insight from molecular dynamics simulations. Physical Chemistry Chemical Physics 14:  5164–5177 (2012).
• Posocco P., Posel Z., Fermeglia M., Lísal M., Pricl S.: A molecular simulation approach to the prediction of the morphology of self-assembled nanoparticles in diblock copolymers. Journal of Materials Chemistry 20: 10511–10520 (2010).
• Posel Z., Lísal M., Brennan J. K.: Interplay between Microscopic and Macroscopic Phase Separations in Ternary Polymer Melts: Insight from Mesoscale Modelling. Fluid Phase Equilibria 283: 38-48, (2009).

Projekty

• FP6: MULTIPRO: Design of “Tailor to Made” MULTIfunctional Organic Materials for Intended Applications, Considering Molecular Modelling of Structure PROperty Relationship, Experimentation and PROcessing (STrategic REsearch Project under the 6th Framework Programme of the European Community) 2007-2009, spoluřešitel.
• OC – COST: Dendrimery v biomedicínských aplikacích, 2010 –2013, spoluřešitel.
• SGS UJEP: (a) Počítačová studie dynamických vlastností polymerů a jejich směsí, 2009 – 2011, řešitel. (b) Mesoskopické modelováni polymerů modifikovaných nanočásticemi, 2011 – 2013, řešitel. (c) Počítačová studie periodických struktur blokových polymer, 2010 – 2012, spoluřešitel. (d) Mesoskopické modelování nanočástic modifikovaných diblokovými kopolymery v rozpouštědlech různé kvality, 2014 – 2016, řešitel. (e) Víceškálové modelování interakce mezi pevnou a kapalnou fází v komplexních systémech, 2016 – 2018, řešitel.
• GA ČR: Řízená asociace polyelektrolytových kopolymerů se surfaktanty ve vodných roztocích, 2013 – 2016, spoluřešitel.
• H2020: VIMMP – Virtual Materials Market Place, 2018, spoluřešitel.
• IGA UJEP: Využití metod strojového učení ve vědeckých výpočtech, 2019-2020, řešitel.
• ERDF/ESF: UniQSurf -Centre of biointerfaces and hybrid functional materials, 2018-2022, spoluřešitel.
• TA ČR KAPPA: METAMORPH -Advanced hybrid organic-inorganic nanofibers for CO2 capture and photocatalysis, 2021-2023, spoluřešitel.
• IGA Krajská zdravotní, a.s.: Umělá inteligence v automatické segmentaci a hodnocení radiologického obrazu, 2022-2024, spoluřešitel
• Interreg Danube: IntegrAge, 2024-2026,člen řešitelského týmu.
• RUR: CreaThon-kreativní setkávání o datech a aplikacích pro digitalizaci zdravotní péče, 2024-2028, člen řešitelského týmu.

Odborné stáže

• Vědeckovýzkumný pobyt na Univerzitě v Terstu (délka: 1 měsíc, 2011)
• Vědeckovýzkumný pobyt na Univerzitě v Terstu (délka 1 rok, 2019)
• Vědeckovýzkumný pobyt na Univerzitě v Terstu (délka 1.5 roku, 2020-2021)

Vědecká spolupráce

• University of Trieste, Department of Architecture and Engineering.
• Molecular Simulation Engineerign Laboratory Trieste.
• Masarykova nemocnice v Ústí nad Labem, o.z.: Neurologické oddělení, Neurochirurgická klinika, Patologie, KAPIM
• Fakultní nemocnice Bulovka, Klinika anesteziologie, intenzivní a urgentní medicíny FNB a 3. LF UK
• CENAB-Centrum nanomateriálů a biotechnologií